2010年2月，甲企业接到一份服装加工的订单，由于资金不足，甲企业与提供原材料的乙公司签订合同，以本企业所有的一辆奔驰轿车（价值80万元）作抵押，为应付的50万元原材料货款提供担保。双方在合同中约定：如甲企业到期不能支付货款，则该奔驰车归乙公司所有。由于双方是多年合作关系，签订抵押合同后没有办理抵押登记。2010年6月，甲企业为购买加工设备，又以该奔驰轿车做质押，为设备款向丙公司提供担保，双方签订了质押合同并移交了该奔驰车。在质押期间，丙公司的工作人员开着质押的奔驰车办理公务时与他人相撞，汽车受损被送到丁修理厂修理，共花费修理费3000元。汽车修好后，丙公司派人拿着3000元去提车。丁修理厂收钱以后，要求丙公司把以前的所欠的1万元汽车维修费还清遭到拒绝，于是丁修理厂就以行使留置权为名拒绝交车。
问题：（1）甲企业与乙公司签订的抵押合同约定“甲企业到期不能支付货款，则该奔驰车归乙公司所有”的条款是否有效？说明理由。（2）甲企业与乙公司签订的抵押合同没有办理抵押登记，抵押权是否设立？说明理由。（3）如果质押有效，奔驰车的修理费应由谁承担？说明理由。（4）丁修理厂是否可以行使留置权？说明理由。（5）如果奔驰车的抵押权、质押权和留置权都有效，且抵押权已经办理登记，应按什么顺序清偿？说明理由。