甲公司于2000年2月开始使用“笨笨熊”作为其儿童玩具的商品名称，其注册商标为“乐乐天”。在玩具包装和广告宣传中，均突出宣传“笨笨熊”。由于该公司的儿童玩具设计新颖，构思独特，加之甲公司根据儿童的偏好，在儿童惯常活动的场所施以大范围、大面积、持续性的广告宣传，经过三年多的辛苦经营，以“笨笨熊”为商品名称的儿童玩具遍布全国绝大多数城市的各大、中型商场，并很快成为全国小朋友熟知和喜爱的商品。2004年3月，当地的乙公司看到这一情形，很快为本公司的儿童玩具向国家商标局申请注册商标“笨笨熊”。请问：如果乙公司在3年后取得了商标注册证，甲公司应该如何保护自己权利？