多选题

某厂副厂长何某因嫉妒屡次采用写匿名信的方式诬告陷害该厂厂长刘某，公安机关立案侦查后，因警力紧张，将这一并不复杂的案件交由该厂保卫科侦查并起诉至人民法院。法院经审理认为，应当判处何某有期徒刑2年，而该县县委书记却建议对何某判处有期徒刑1年。最后法院以何某是副厂长，曾对该地区经济作出较大贡献，应予减轻处罚为由，判处何某有期徒刑1年。本案中，违反的刑事诉讼的基本原则有（　　）。

A侦查权、检察权、审判权由专门机关行使

B人民法院依法独立行使职权

C一切公民在适用法律上一律平等

D保障诉讼参与人的诉讼权利

解析：
A项，违反了侦查权、检察权由专门机关行使的原则。本案应该由公安机关进行侦查，由检察机关进行起诉，但是公安局却将案件交由该厂保卫科侦查并起诉，这是严重违法行为。
B项，违反了人民法院依法独立行使职权的原则。人民法院独立行使职权是刑事诉讼法的基本原则，其基本含义是人民法院依法独立行使审判权，不受行政机关、社会团体和个人的干涉。在本案中，县委书记直接对案件的审理提出建议，干涉法院对案件的审理，法院依据其建议决定减轻处罚，从而违反了人民法院依法独立行使职权的原则。
C项，违反了对一切公民在适用法律上一律平等的原则。这一原则是我国《宪法》规定的“中华人民共和国公民在法律面前一律平等”原则在刑事诉讼法中的具体体现。它要求公安司法机关在进行刑事诉讼活动时，对于一切公民的犯罪行为，不管其地位高低、家庭出身如何，都必须按照法律规定来处理，应当追究的必须追究。而在本案中人民法院以何某是副厂长并曾为该地区经济作出过贡献为理由，决定对其减轻处罚，显然是违反这一原则的。
D项，《刑事诉讼法》第14条规定，人民法院、人民检察院和公安机关应当保障犯罪嫌疑人、被告人和其他诉讼参与人依法享有的辩护权和其他诉讼权利。本案之中并没有违反该项基本原则。